За то, какой именно код будет запускаться на разных доменах, обычно отвечает веб сервер, смотри настройки в нем. Там на каждый домен своя секция конфига. Работать такие сайты будут совершенно независимо, т.е. база сессий у каждого своя, ну а настройки баз данных сам пропишешь в коде у каждого свой.