верстка, которая сделанная по макету едет
Вот и разбирайтесь с этой версткой.
DomPDF и mPDF - качественные инструменты, но без волшебства. Навороты, которые позволяют современные браузеры, плохо рендерятся без современных браузеров и сплошь и рядом криво рендерятся в них же без привычного окружения.
У mPDF есть возможность задать исходником уже готовый PDF и добавить в него ваши элементы. Если их немного (как пример - диплом участника, в который вписываются только его данные и дата-название мероприятия) - с версткой возиться не требуется вообще.
Если же вам нужна какая-то сложная и точно позиционированная графика - вам придется выкинуть из этой схемы HTML и рисовать исходник для PDF в нормальном графическом формате - SVG или EPS, Но для материалов с большим количеством текста они, конечно, не подходят, это вам придется изобретать собственную издательскую систему...