всего имеет памяти 53GB, но в этом каталоге находится каталог на 945GB,либо это неправильный анализ символических ссылок (когда при подсчете файлов символическая ссылка считает размер повторно, особенно это актуально для рекурсивных ссылок) либо sparse files.
папка /home весит 6.3GB, но sda3 использует 10.1GB, где остальное?чем смотрел использование? при использовании консольной утилиты
du -s /каталог будет верный размер (дополнительный ключ -m покажет размер в мегабайтах, а -h в автоматически выбираемых, для больших гигабайты и терабайты, для маленьких килобайты и мегабайты)
Полагаю так глючит pulsesudio если что включать и отключать устройства для вывода