<div>
<span>сон</span>
<span class="separator-slash">/</span>
<span>ужин</span>
<span class="separator-dot">.</span>
<span>завтрак</span>
</div>elems[1] === undefined и у него нету атрибута length, а значит код цикла не исполняется, и тебе выводится 1. Посмотри как ты инициализируешь elems, ты задаешь только нулевой элемент.
<!DOCTYPE html>
<html lang="ru">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<title>Бургер меню</title>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, maximum-scale=1">
<link rel="stylesheet" href="css/style.css">
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"> </script>
</head>
<body>
<h1>Hello world!</h1>
<script src="script.js"></script>
</body>
</html>