Причин может быть много. Так, не глядя на сайт, сложно что-то предположить. Вот некоторые:
1. Переспам. Яндекс может наложить подобного рода фильтры за переспам ключами. Правда, накладывает он их точечно.
2. Однорукий бандит: Яндекс рандомизирует выдачу, собирая статистику. Об этом в инете много инфы.
3. На вашем сайте Яндекс, банально, не может определить какая страница релевантная. Такое часто бывает, когда наоборот прописали недостаточное количество ключевых фраз и смежных фраз на посадочных страницах. Когда категория по смыслу очень похожа на свои подкатегории и т. д.
Зависит от того: сколько лет сайту. Как давно вы это заметили.