Странно, у меня такой же трекбол и такая же конфигурация(кнопку большим пальцем + вращение шаром). Никогда не сбоило, уже 2 года ежедневно использую.
/etc/X11/xorg.conf
Section "InputClass"
Identifier "Marble Mouse"
MatchProduct "Logitech USB Trackball"
MatchIsPointer "on"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Driver "evdev"
Option "SendCoreEvents" "true"
# Physical buttons come from the mouse as:
# Big: 1 3
# Small: 8 9
#
# This makes left small button (8) into the middle, and puts
# scrolling on the right small button (9).
#
Option "Buttons" "9"
Option "ButtonMapping" "3 8 1 4 5 6 7 2 9"
Option "EmulateWheel" "true"
Option "EmulateWheelButton" "9"
Option "YAxisMapping" "4 5"
Option "XAxisMapping" "6 7"
EndSection
Всё что качается мышки из xorg.conf выпилено.
P.S.: у меня под левую руку конфиг.