png

Если таблицы однотипные (это касается и полей, и движков) и не используется (не эффективно) кэширование, то лучше 2 вариант.
В остальных случаях 1 вариант.

+1 за Jira, она довольно гибкая.

Заходите через PuTTy на луюбую машину, запускаете screen/tmux — вот вам и закладки. Оттуда ходите, куда хотите.

Очень неплох ZOC www.emtec.com/zoc/ (платный)

Обратите внимание на вышеупомянутый SecureCRT.
Так же мне нравится AbsoluteTelnet, SFTP клиент уже встроен.

Если рассматривать бесплатные решения — superputty реализует вкладки и еще много чего.

Да вот на том же малоизвестном ресурсе habr :D в рекламных баннерах крутиться Jira. Создать в ней на дашборде список назначенных задач с сортировкой по времени и приоритету не проблема.

Redmine

mRemote

WinSCP

PuTTY Connection Manager, который вы ищете, можно скачать отсюда: thegeekstuff.com/scripts/puttycm.zip

SecureCRT

cygwin + любая консоль с табами

xdebug_start_code_coverage(); // в начало
…
…
$includes = array_keys(array_keys(xdebug_get_code_coverage())); // в конец

Сложно будет предусмотреть такие ситуации:
call_user_func( $neededFunc, $params );

У меня Debian, но, как выше было сказано, использовать надо то, что лучше знаешь.
Если будешь делать что то специальное, например виртуальный хостинг, все-равно потребуется знания. В Debian из коробки(репы) веб-сервер и то не самый защищенный можно получить, как минимум запретить чтение /etc и доступ к половике директорий и файлов /etc

Мне кажется, вам могут помочь инструменты из этого обзора, в частности Dead Code Detector (DCD) for PHP code

Берете любую IDE с поиском по файлам, вводите название функции, смотрите, где она используется, удаляете, проверяете, все ли работает. Затем удаляете следующую. И так далее.

Ну я не знаю таких тулов но вы можете сделать так:

В каждой функции поставить debug_backtrace, и куда-нибудь это сохранять. Далее при нормальной работе собрать данные о том что куда вызывает, проанализировать и что-таки узнать. Из-за моих незнаний это первый вариант который мне в голову приходит. Если найдете такую тулу, киньте в ответ пожалуйста. Спс.