Можно не ограничиваться одной записью. Если вы в компании работаете давно и к вам там хорошо относятся, можно сделать несколько записей начиная с помощника системного администратора и уже заканчивая руководителем IT отдела. Это кстати будет характеризовать вас как целеустремленного сотрудника.
Фактическое наличие или отсутствие какого то ни было отдела ни каким образом не ограничивает формулировки должностей в трудовой, так что смело можете писать любую должность.