1. Деление на доп соглашение и договор необходимо, если у вас будет много клиентов, то тогда у вас будет неизменная форма договора, а детали в приложении. А для простоты и удобства я считаю, что достаточно договора без приложений.

2. Счет на оплату - с одной стороны атавизм в случае наличия заключенного договора, т.к. оплата может и лучше, чтобы осуществлялась на основании договора. Ну можно его рассмотреть как дополнительная дисциплина клиента, если платежи разбиты на несколько частей, но можно и так связаться с клиентом и напомнить ему о платеже по договору.

3. Акт выполненных работ обязательно подписывайте после того как заканчивается этап работ, например, ежемесячно. Он подтверждает, что клиент принял ваши работы и не имеет претензий по их количеству, качеству и т.п.

4. Акт сверки может потребоваться, если договор сложный в оплатах, разные суммы, разная периодичность, да еще и клиент задолжал за выполненные работы и накопилось этой информации больше, чем посчитать в уме. Либо клиент не согласен с долгом. Можно акт сверки подписывать в конце договора, как бы итоговым документом, по которому стороны определяют, что всё ок.