стандартно. для шифрации файлов используешь
EncFS, который шифрует каждый файлик по отдельности и складирует их в прописанный каталог.
А сей каталог либо синхронишь либо размещаешь на яндекс-диске.
удобство что гонять по тырнету надо только измененные файлики.
подключение вебдава тоже не составляет проблем.