pfg21

гугл "git слепок файла" Первая же ссылка Введение - Основы Git описывает все наглядно и с картинками.

К примеру, можно сделать копию физического раздела в файл, и потом этот образ системы запустить в виртуальнике. минус будет один - это будет копия системы.

Вариант2: подключить в виртуальник физический раздел диска и запуститься с него. Весьма извращенный вариант поиска проблем на *, но по необходимости такое можно сделать.

качество жпс складывается из качества модуля жпс + качество антены.
И если схемотехнику жпс-модуля сейчас отработали до совершенства и сильных отличий меж модулями нет.
то вот качественную антену в маленький корпус засунуть физически невозможно.
максимум чтосветит телефону или планшету - кусок жестянной полоски в углу корпуса.
точность при "открытом небе" для телефона +- 30 метров. чтоб понять "где ты ??" хватает. в зоне высотной застройки будет хуже.

Для наглядного сравнения качества жпс-модулей посоветую записывать трек "нулевого сдвига" т.е. кладешь телефон на место, желательно с открытым небом на пару часов записывать трек с периодом не более секунды.
Таким образом в треке будет присутствовать лишь погрешности измерений.
Загружаешь его в любую программку и по размерам ляпухи очень наглядно видишь, как не точен прибор.
для точных цифер можно распределение точек.

вариат в лоб - сдампить весь диск как есть, если данные жутко важные.
нужен винт с большим свободным местом и загрузочный сидюк убунту.
подключаем енто к серверу, загружаемся с сидюка, монтируем новый диск и бекапим все на него разделы "старого" винта как есть. т.е.

dd /dev/sda1 bs=1M | bzip2 > /mnt/%новый диск%/back11/sda1.bzip2

и так для каждого раздела старого винта (я предполагаю что он подключился как /dev/sda).
не помешает проверить архивы на целостность.
bzip2 -tv /mnt/%новый диск%/back11/*.bzip2
так что имеем бекап всех важных данных и можем исправлять диск.

пытаемся проверить диcк на ошибки исправить их
fsck -p /dev/sda1
для каждого раздела (-p = исправлять ошибки) и пытаемся перезагрузиться. с 80% вероятностью диск оживет. ежели нет, есть полные бекапы всех данных на винте.

Если данные не столь важны, можно попробовать не дампить все, а сразу гнать тесты раздела.

на ожившем диске настроить бекап в облако

мне больше кажется что в системе напортачено с репозиториями в /etc/apt/sources.list
К примеру включил репозиторий, через него установил ядро 4.9.0-kali3-amd64. а потом закоментарил доступ к этому репозиторию и apt естественно не находит подходящие к ядру хидеры.
вариант2: ядро системы жутко древнее, ядро и хидеры к нему исключили из доступных репозиториев, и вполне естественно ничего находится.
обнови ядро, а потом к нему поставь хидеры, в репу их записывают комплектом.