Или все-таки нельзя ставить два пакета разных версий?
Нельзя установить одновременно несколько версий одного и того же пакета.
Если требуется иметь одновременно несколько версий программы/библиотеки, их оформляют как разные пакеты. Версия программы/библиотеки при этом часто используется как часть имени пакета.
Например, у меня установлены одновременно gcc-4.8 и gcc-4.9:
$ dpkg -l 'gcc-4.[89]' | sort
+++-==============-============-============-=================================
Desired=Unknown/Install/Remove/Purge/Hold
ii gcc-4.8 4.8.4-1 amd64 GNU C compiler
ii gcc-4.9 4.9.2-10 amd64 GNU C compiler
| Status=Not/Inst/Conf-files/Unpacked/halF-conf/Half-inst/trig-aWait/Trig-pend
|/ Err?=(none)/Reinst-required (Status,Err: uppercase=bad)
||/ Name Version Architecture Description
Имена пакетов здесь: gcc-4.8 и gcc-4.9. По файлам они нигде не пересекаются.