Пума Тайланд

Ансибл нынче самый популярный наверно, так что на нём и надо

Виндой все таки проще рулить групповыми политиками, линуксы ансибл.
За два года ничего не поменялось увы

Вам нужны система деплоя а не управления конфигурацией сервера . какой нибудь jenkins или любой его аналог. Ансибл тут не надо

В конфиге паппета примените новый конфиг только для однной ноды а не для всех, там же можно прописывать конкретные ноды.
В целом рекомендую вам переходить на ansible он пободрее и поинтереснее

Однозначно для админа сейчас решает ансибл

Если у вас есть тысяча одинаковых серверов то паппет позволит их конфигурить и менять конфиг очень быстро и просто, если же вы простой обыватель с тремя серверами, то написание рецептов паппета для конфигурации серверов у вас не окупится никогда.

в доке паппета подробно описано как ссылаться на файлы

паппет для этого не создан, он как минимум декларативный, а не исполняющий, есть куча софта для централизованного выполнения команд на серверах используйте их, там это все просто, можно наверно как то и на паппете накрутить через г, но зачем, работать все равно оно ожидаемо не будет из за декларативности.

Ничем не отличается от установки любого пакета из репозитория, читайте матчасть.

Оба инструмента хороши для настройки большого количества однотипных серверов. Если у вас зоопарк то вам они не помогут, мне больше нравится пупет.
Ну а запускать в неурочное время надо чем то другим.

В nginx просто деплойте новый конфиг или кусок конфига с апстримом + рестарт сервиса, зачем здесь модуль непонятно.
Добавлять, удалять юзеров и таблицы в mysql не работы nginx.

hudson вас спасет.