Зачем модули?
Отдельно деплоить nginx.conf и все, что с ним в комплекте: mime.types, etc
В зависимости от группы деплоить разные conf.d
Также, предусмотреть возможность вносить изменения непосредственно в http. Либо include'ом либо переменной — составлять nginx.conf шаблонизатором на руби