ну простым скриптом в цикле прогнать запуск всех криптов в консоли и сохранить иррорлог отчеты
5.4 у меня все вообще гладко обновилось до 5.5, как то там не такие глобальные изменения по сравнению с версиями <=5.3
Обычно иннодб не знает сколько у него всего строк в таблице, если таблица не меняется то первый переход на последнюю страницу будет медленнй , а в следующий раз быстрый, если меняются то всегда будет немного медленно
Откройте5 диспетчер задач и посмотрите как у вас там что загружено
ПОставьте дебагер и посмотрите почему у вас долго выполняются пхп скрипты, оптимизируйте конфиг мускула, так как по дефолту там не включен например кеш.