поставьте mysql 5.6 там все таки бодрее все и куда лучше работает с большим количеством данных
откажитесь от индекса , он довольно тяжело пересчитывается для мд5
Перкона использует галера кластер решение
В стандартном мускуле все на NDB таблицах
Кластер и разнесение по датацентрам маловероятное решение , тут либо синхронная работа либо дикие задержки если сервера далеко.
нгинкс не умеет проксировать ваш ссх
да и вообще по домену никто проксировать ссх не умеет, так как в нем не передается домен скорее всего.
купите айпишников и выдайте каждой виртуалке, стоит все копейки.