сжимать системный раздел это изврат , для доступа к файлом системе надо их извлекать а потом опять сжимать , это влияет на запуск приложений и на постоянный доступ к винту
вырубаем сервак , вынимаем винты подключаем к другому компу смотрим смарт и проверим поверхность mhdd если все гут с винтами далее
ребутаем сервак , закрываем доступ для всех запускаем тест файловой системы