Yausi: так попробуйте запись с указанием корневого элемента. Это нормально, вы не должны нарушать структуру. Главное проверьте, что у вас все правильно читается из записанного файла.
Надо посмотреть, как это у меня сделано. Но на сколько я помню так делать нельзя.
Отдельно создаете Контрагент, заполняете его. Потом надо сделать что-то типа
Делал работу с 1С через web-сервисы. Ничего сложного в этом нет. Создаете сервис, описываете процедуры и функции - готово! Имейте ввиду, что логин для доступа к сервису желательно сделать на латинице. Наименование процедур и функций тоже на латинице.