1. По событию клика на ролике - создаёте (если отсутствует) скрытый iframe куда грузите заранее заготовленную страницу-пустышку со счетчиком от яндекса и передаёте туда все параметры ролика: ID, длительность просмотра, метку времени начала/конца и прочее.
2. Любые события ролика можно отслеживать через api youtube и менять линк в скрытом iframe.
3. В яндекс-метрике - ловите параметры GET-запроса и по ним настраиваете цели.
А вообще, советую почитать:
https://habrahabr.ru/post/233955/