Используйте maven
Если хотите собрать исполнимы jar файл с включенным в него зависимостями, я использую maven-assembly-plugin:
<packaging>jar</packaging>
....
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
<configuration>
<archive>
<manifest>
<mainClass>ru.toster.MainClass</mainClass>
</manifest>
</archive>
<descriptorRefs>
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
</descriptorRefs>
</configuration>
<executions>
<execution>
<id>make-assembly</id> <!-- this is used for inheritance merges -->
<phase>package</phase> <!-- bind to the packaging phase -->
<goals>
<goal>single</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
</build>
...
потом в командной строке
mvn assembly:single
Для сборки war архива никаких доп. плагинов можно не прописывать, а запустить команду
mvn package
в pom файле указать только тип архива "war"
<packaging>war</packaging>
Если не пользуетесь mvn, в IDE обычно есть встроенные средства для сборки, например в Eclipse IDE:
File -> Export -> Runnable Jar File -> Package required libraries into generated JAR
Можно собрать исполнимый jar файл вручную и запаковать в него все нужные библиотеки jar, но сами библиотеки должны бить в распакованном виде, т.е. prog.jar/lib/MySql.jar - такой работать не будет, джава не может грузить джары из джаров:) Нужно будет все либы распаковать вручную, чтоб было: prog.jar/com.mysql.MySqlDriver.class (это пример).
Например когда вы используете Eclipse для сборки, он встраивает свой загрузчик в архив, потому jar/jar работает. А выше указанный maven плагин как раз распаковать все архивы зависимостей.
