Это аннотация пишется над методами, которые переопределяются из супер класса.

Это что-то вроде страховки, гарантирующая что 100% переопределен метод.

class A {
public void superMethod() {}
}

class B extends A {
@Override
public void superMethod() {}
}

Компилятор, когда встретит данную аннотацию, проверит, чтоб сигнатуры методов в супер классе и в под классе совпадали, т.е. вы переопределили метод, и в полиморфизме будит вызываться переопределенный метод.

Если вдруг вы ошиблись в сигнатуре метода (например пропустили букву в название), то компилятор выдаст ошибку

Вместе с JDK можно скачать и исходный код стандартных библиотек джавы. В любой IDE, зажав CTRL и кликнув по имени того, или иного класса, можно перейти к его исходному коду и полюбопытствовать, что же там такое происходить...

В вашем примере мы видим два конструктора, один принимает символьный поток (Reader), а другой - байтовый поток ("сырые" данные) (InputStream).

Scanner предназначен для удобного чтения текста из потока, т.е. ему нужен символьный поток (Reader). А что он делает с байтовым поток? - правильно, оборачивает его в Reader:) И если зайти в код конструктора, то мы это увидем:

public Scanner(InputStream source) {
        this(new InputStreamReader(source), WHITESPACE_PATTERN);
    }

Все просто, в зависимости от доступного вам потока (Reader/InputStream), вы используете соответствующий конструктор Scanner-а. В вашем примере оба варианта делают одно и тоже.

Библиотека java.io состоит из декораторов (паттерн такой), они как матрешки, вкладывая их один в другой, вы добавляете функционал.

Байтовы поток, а нужен символьный? - пффф... обвернули его InputStreamReader. Нужна буферизация? - легко, Обвернули в BufferedReader.

Нужно знать Java SE + Servlet API (это уже из Java EE).

Spring дает все те же возможности (IoC и DI, транзакции и.д.) что и Java ЕЕ, только проще в использовании и не нужен сервер приложение (jboss, glassfish), достаточно tomcat или jetty.

Java EE это набор спецификаций и интерфейсов, который реализуют производители серверов приложений (jboss, glassfish). Spring - как простая альтернатива.