На конечном сервере установить Bacula File Daemon (клиент), а на другом сервере установить серверную часть Bacula, которая будет хранить резервные копии у себя или где-то ещё, подключаясь периодически к серверу-клиенту.
Bacula или его клон BareOS.
А можно, конечно, и скриптиками заниматься, как посоветовали другие.