Раз у вас HDD, то очень вероятна проблема с фрагментацией файлов: куски файла разбросаны по диску и для чтения каждого надо гонять туда-сюда головки, что есть операция небыстрая. Проверить фрагментацию призвести дефрагментацию можно, например, в свойствах диска на вкладе Tools в окне по кнопке Optimize - если у вас там средство дефрагментации автор сборки не вырезал ;-). А ещё в современной Windows обычно бывает настроена переодическая дефрагментация, но ее автор сборки тоже мог вырезать. Так что, возможно, вы на диск зря грешите.
С диском и его контроллером проблемы, конечно, тоже могут быть, но они обычно отображаются в SMART. Так что возьмите программу для просмотра SMART (лично я люблю Crystal Disk Info, но вообще - на ваш выбор) и посмотрите, не происходит ли там чего плохого. С дефрагментацией это никак не связано, так что можете проделать это независимо.
PS Посмотреть, какие именно процессы активно работают у вас диском, можно в диспетчере задач, на вкладке Details - если у вас сборка не на базе Windows Server, конечно, из него (конкретно могу утверждать за Windows Server 2016) эту функциональность зачем-то вырезали (точнее, я знаю, зачем, но вам эти знания вряд ли потребуются). Настраиваете на этой вкладке колонки по вкусу - и смотрите, можно сортировать процессы.