MVV

В журнал событий DFSR на DC08 загляните: там должно быть событие с ошибкой или предупреждением.
Например - если перезагружали другой КД. Вот и смотрите, насколько там что-то серьезное сообщается.
И да, эта проверка "вылечится" сама через, максимум, сутки - даже если репликация SYSVOL в реальности не работает ;-) .

Есть: применить к каждому возвращенному имени папки функцию (статический метод) Path.GetRelativePath и записать результаты в новый массив. Короче всего это записать через LINQ, примерно так:

String[] rel_folder_names = Directory.GetDirectories(RootFolder).Select(s=>Path.GetRelativePath(RootFolder,s)).ToArray();

Но если пока не умеете или боитесь использовать LINQ, то можно это сделать в обычном цикле

String[] full_folder_names=Directory.GetDirectories(RootFolder);
String[] rel_folder_names = new String[](full_folder_names.Length);
for(int i=0;i<full_folder_names.Length;i++) {
     rel_folder_names[i]=Path.GetRelativePath(RootFolder,full_folder_names[i]);
}

Как-то так.

PS Весь код написан "из головы", так что ошибки могут быть.

'MultipleActiveResults=True'

Уберите эти одинарные кавычки.

Я бы в такой задаче попробовал сделать архитектуру, основываясь на виртуальных базовых классах - т.е. множественном наследовании, при котором многократно наследуемый класс везде, где он возникает, определяется как виртуальный базовый. Как известно, если класс (напрямую или через своих предков) многкратно наследует некий класс как виртуальный, то при содании экземпляра такого класса создается только один экземплярэтого базового класса.
В частности, с помощью виртуального абстрактного базового класса, содержащего только чистые виртуальные методы, вполне можно сделать аналог интерфейсов, существующих в других языках: Java, C# и пр. - и пользоваться в C++ архитектурными наработками, сделанными с использованием интерфейсов.

Если вы умеете отправлять и получать запрос с фронта в формате JSON на голом JS через XMLHttpRequest или fetch (либо у вас есть фронтовой фреймворк для этого), то вам повезло: сама Microsoft о вас позаботилась. Как раз в ASP.NET 6 появился Minimal API. Суть его в том, что если раньше базовые делегаты-обработчики конечных точек маршрутизации (подключаемые через Map/MapGet/MapPost etc) должны были иметь тип RequestDelegate (HttpContext context на входе, Task на выходе, а в context.Response изволь писать сам), то теперь делегаты-обработчики могут иметь произвольный тип (ну, почти): принимать произвольное количество произвольных параметров - ASP.NET привяжет их к путям/параметрам в URL и содержимому тела запроса как надо - и возвращать произвольный объект в качестве результата - он будет правильно записан в context.Response: например, если это обычный объект, то он будет послан как JSON. То есть, Minimal API - это новый способ написания контроллеров API, безо всякого MVC.
Что касается вашего вопроса: если вы передадите с фронта через XHR/fetch объект в JSON с полями и значениями в них, то ASP.NET привяжет параметры метода-обработчика к одноименным полям объекта, а объект, возвернутый из метода-обработчика, закодирует в JSON. И никакого дополнительного фреймворка не надо.
Подключаются эти обработчики все теми же методами Map/MapGet/MapPost etc: просто в качестве делегата передаете не RequestDelegate а нужный метод-обработчик.
Но есть нюанс: в документации по ASP.NET 6 все это великолепие еще толком не описано - читайте документацию по ASP.NET 7: она в целом подходит, только не испольуйте группы маршрутизации и фильтры - их в ASP.NET 6 ещё не было.
PS Кому интересно: как это работает под капотом(конкретно для ASP.NET 7), описано в серии статей Эндрю Лока (знаете такого автора книжек по ASP.NET?).