Отключить регистрацию записи A для имени домена на всех КД и добавить вручную запись, указывающую на ве-сайт. Для этого В политике, применяемой к контроллерам домена (Default Domain Controller Policy) в разделе Administrative Templates/Netlogon/DC Locator DNS Records включите политику
"Specify DC Locator DNS records not registered by ... и добавьте в нее мнемонику LdapIpAddress.
Есть альтернатива: установить на всех КД обратный прокси для имени домена, проксирующий запросы на веб-сайт: например IIS+ARR (Application Request Routing).
Переименовывать домен AD, как тут советуют вsыше, из-за такой мелочи не стоит IMHO