попробуй поигратся с residentKey: 'required' , вообще винда должна просить по приоритету, если ключ зарегистрирован просит его, если нет то что то другое
upd
гугл говорит
Убираем allowCredentials, чтобы Windows могла выбрать любой доступный метод.
Убираем authenticatorSelection, чтобы система автоматически выбрала доступный способ аутентификации.
Оставляем userVerification: "required", чтобы потребовать PIN.