Была аналогичная фигня с большими размерами syslog на Debian 8.10 (гостевая ОС на Proxmox)
Стандартный конфиг в logrotate указан.
Обновил до Debian 9.4 проблема пока не проявляется.
Обычно, если не ошибаюсь 1-ин домен равен 1-му IP адресу.
Кривое решение, разделить домены с помощью разных нестандартных портов:
site1.ru
site1.ru:81
site3.ru:82
Конечно с https можно аналогично, но не факт что это правильно.