Этот мануал в вашем случае не подходит. Там синхронизация односторонняя. Вы отправляете не на сайт, а в репозиторий на сервере. Затем хук извлекает содержимое ветки master в каталог с файлами сайта, затирая всё что там ранее мог изменить пользователь через админку.
И репозиторий на сервере никак не меняется, при изменении файлов сайта. Поэтому аналогия с гитхабом не работает. Гитхаб вам сразу показывает содержимое репозитория, сами файлы там не лежат в какой-то отдельной папке.
если нажать pull или fetch all, то локальная версия изменений на сервере не видит.
А разве должен видеть? Fetch/Pull скачивает не файлы из рабочего каталога, а коммиты из репозитория. Это вообще разные сущности. Чтобы в репо попали изменения, их нужно коммитить, только так и не иначе.
Предлагаю не создавать bare-репозиторий без рабочего каталога, а инициализировать обычный репо прямо в каталоге сайта. Обновления не проталкивать через push, а забирать через pull, потому что гит не сможет отправить push в текущую ветку. Чтобы забрать изменения файлов с сервера, их нужно предварительно коммитить разумеется, так как pull скачивает не файлы, а коммиты. Pull лучше делать на чистом от изменений рабочем каталоге, поэтому можно запускать простой скрипт
git fetch # скачать обновления заранее, чтобы не ждать во время обновления файлов
git stash # временно спрятать локальные правки
git pull # применить обновления к сайту
git stash pop # вернуть локальные правки обратно
Это немного помогает избежать конфликтов между вашими локальными изменениями и изменениями из внешнего репозитория. Но лучше предварительно закоммитить изменения на сервере и перенести их на рабочий компьютер.
Я таким способом в своё время успешно синхронизировал правки между компьютером разработки и основным сервером, где работал продукт. Там тоже часть файлов изменялось сервером во время работы. Скрипт отрабатывает достаточно быстро, чтобы сервер не успел заметить откат файлов при stash.
