у меня в договоре прямой запрет на разглашение этой информации
Наличие коммита слияния не является ошибкой,
И не факт что эта ветка общая, может и не повлияет перебазирование ни на кого.
А вот удалять репозиторий — совершенно бессмысленная и ненужная в данной ситуации операция.
Что нам это даст?
Не один. Купленный диск легко может оказаться бракованным, и при попытке восстановления - окажется что он уже все. Два диска сильно снижают эту вероятность.