Возможно также понадобится ~/.config/Thunar (дефолтный файлменеджер), ~/.xonfig/xfburn (дефолтная дискописалка), ~/.autostart/ (автозагрузка).

В более общем случае (если хочется чтобы сохранились вообще все настройки всего софта) можно сохранить все файлы и каталоги, которые начинаются на точку (~/.*).

Из тех, что мне попадались, могу порекомендовать:

Линукс не для идиотов — несмотря на провокационное название, неплохо описаны основные моменты работы в линуксе. Рассмотрены многие типичные проблемы, причины возникновения и пути решения.

Bash Guide for Beginners (русский перевод) — руководство пользователя bash для начинающих. Хорошо рассмотрена одна из наиоблее популрярных командных оболочек, кратко описаны ее возможности в том числе и в написании простых скриптов для облегчения повседневной жизни.

На хабре, естесственно, тоже можно найти хорошие топики :)

Ну и есть смысл посмотреть мануал к используему дистрибутиву — там будет куча вещей, специфических именно для вашей системы (например, для debian, для gentoo).

Упс. Вот правильная ссылка на русский перевод bash guide.

Главный рабочий инструмент программиста все же голова, как по мне. Скажем, 500 строк кода в день — это очень много для программиста, но очень мало в смысле набора на клавиатуре (спросите любого, кто владеет 10-пальцевым слепым набором).

Тем не менее, использую вышеупомянутую Microsoft Natural Ergonomic 4000 — кроме собственно кодирования есть еще и форумы, и хабр, и друге способы утилизации клавиатуры/мыши :)

Программирую базы данных и администрирую сервера, на которых они крутятся (крестиком не вышиваю, нет :) ). Рабочая ОС — Debian testing (jessy на сегодняшний день), графическая среда — KDE; 2 монитора по 23".

Desktop1. На левом — хромиум на 70% экрана (на весь экран многие сайты выглядят не то чтобы очень плюс читать длинные строки неудобно), оставшиеся 30% — либо вспомагательная консоль, либо джаббер либо скайп; на правом — среда разработки БД на весь экран.

Desktop2. В случае поиска бага в базе заказчика на левом мониторе среда с БД заказчика на весь экран, на правом — эталонная база на весь экран.

Desktop3. В случае административных задач на правом мониторе 4 терминала мозаикой, на левом — все тот же браузер на 70% с джаббером на оставшейся части монитора.

Вначале был дискомфорт пока методом проб не подобрал правильные углы размещения мониторов. Вертикальным положением не пользуюсь. Сторонним софтом не пользуюсь. Что-то особенное читать смысла не вижу; разве что в случае использования настенных держателей под мониторы — обзоры вышеупомянутых держателей.