Из тех, что мне попадались, могу порекомендовать:
Линукс не для идиотов — несмотря на провокационное название, неплохо описаны основные моменты работы в линуксе. Рассмотрены многие типичные проблемы, причины возникновения и пути решения.
Bash Guide for Beginners (
русский перевод) — руководство пользователя bash для начинающих. Хорошо рассмотрена одна из наиоблее популрярных командных оболочек, кратко описаны ее возможности в том числе и в написании простых скриптов для облегчения повседневной жизни.
На хабре, естесственно, тоже можно найти хорошие топики :)
Ну и есть смысл посмотреть мануал к используему дистрибутиву — там будет куча вещей, специфических именно для вашей системы (например,
для debian,
для gentoo).