Возможно также понадобится ~/.config/Thunar (дефолтный файлменеджер), ~/.xonfig/xfburn (дефолтная дискописалка), ~/.autostart/ (автозагрузка).
В более общем случае (если хочется чтобы сохранились вообще все настройки всего софта) можно сохранить все файлы и каталоги, которые начинаются на точку (~/.*).