Игорь

gaierror: [Errno -5] No address associated with hostname

А server_name storage.domain.ru точно резолвится в какой-то ip-адрес? Не забыли его прописать хотя бы в /etc/hosts той машины откуда пробуете залить файлы?

nohup php script.php &

Почитайте также про
screen
tmux
disown

Это не фтп, это ssh. Естественно скорость будет ниже, так как идет шифрование трафика + у вас еще трафик натится.
Решения:
1. Использовать менее ресурсоемкий алгоритм шифрования, например arcfour;
2. Не использовать nat а повесить на виртуалку белый ip и ходить напрямую;
3. Отказаться от ssh в пользу чего-то более быстрого, например rsync (не знаю, поднимается ли он как демон на винде).

Корпоротивный портал для всей фирмы, wiki, свой блог. Это самое удобное и структурированное. Плюс дает возможность другим людям комментировать найденные Вами решения. А комментарии чаще важнее самих решений.

Если например для цепочки INPUT, то ставите политику по умолчанию DROP, разрешаем установленные соединения, а дальше список правил разрешающих вышеуказанное по списку:

iptables -P INPUT DROP
iptables -A INPUT -m conntrack --ctstate RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp --dport 80 -m conntrack --ctstate NEW -j ACCEPT
...

Попробуйте в конфиг добавить resolver:
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_core_module.html#r...

mod_ntlm точно работает например с дефолтным битриксом.
Схема простая, linux-сервер с сайтом вводится в домен через samba+kerberos. К апачу добавляется ntlm модуль. Если интересны детали скачайте виртуальную машину битрикс и посмотрите. Там есть скрипты все это настраивающие по миниммальным входным данным.

Если вы знаете, что это fpm и mysql. Так что мешает включить в них логирование и посмотреть что за запросы, откуда и в каком количестве летят?

scp [откуда] [куда]
вы файл /home/catalog/name_fail.tar.gz с машины откуда делаете scp скопировали на машину root@XXX.XX.XX в каталог ./Yandex.Disk

В простейшем случае вам поможет round-robin dns. Несколько записей, каждая из которых ведет на балансировщик в отдельнмо дц. При падении ДЦ потеряете только часть трафика. В большинстве своем браузеры сейчас умные и умеют перебирать адреса при недоступности первого.
В более сложном варианте поднимать динамическую маршрутизацию и весами балансировать маршруты до одного и того же адерса балансера в разных дц. При падении основного ДЦ трафик переключится на маршрут с меньшей метрикой и пойдет на резервный балансер.

А есть каталог /var/run ?
Если нет, то создайте:
mkdir /var/run

В /etc/nginx/sites-enabled/ должны лежать файлы конфигов, а у Вас там какая-то директория создана /etc/nginx/sites-enabled/mysite.
Удалите директорию и смотрите какие будут новые ошибки.

1. ionice. Не работает толком.
2. /etc/security/limits.conf. Тоже не работают по факту.
3. cgroup. Работают, но надо вникать и настраивать.

sudo chmod u+s ./specrum

Если надо чтоы файлы из каталога httpdocs переместились, то так:

mv -r  /home/devi/www/site/httpdocs/* /home/devi/www/site/