Игорь

Вы можете сделать шаблон-файл. Он будет храниться где-то в отдельном каталоге. По команде будет производиться генерация конфига (подставление нужных IP, NETMASK и прочего) на базе шаблона и дальнейшее перемещение полученного конфига с замещением в /etc/network/interfaces.

cpulimit или cgroup.

Покажите вывод команд:
netstat -ntpua | egrep 'nginx|apache'

На каком этапе не появляется строка ввода логина?

Покажите вывод команд:

testparm
net ads testjoin

Покажите файл /etc/krb5.conf

Можно еще убрать из configure:
--with-http_perl_module
Если Вы не собираетесь часть конфига на perl писать.
Вот описание модуля:
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_perl_module.html

Например, можно по первому файлу идти циклом и читать построчно:
www.shellhacks.com/ru/Kak-Postrochno-Prochitat-Fayl
а дальше каждую эту строку передавать на grep по второму файлу.

А откуда mod_ntlm скачивали?

Самое простое ssh -D и прописать полученный сокет как прокси в браузере. Не требует никакой дополнительной возни.
А так можно помимо вышепредложенных сделать наприер VPN до сервера и пушить в него маршруты только до IP серверов, на которые Вы хотите ходить через Ваш сервер. Тогда через VPN будет ходить трафик только до указанных IP, остальной будет ходить обычным дефолтным маршрутом. На openvpn такая схема достаточно просто реализуется. Из дополнительных плюсов- шифрование.

Вы просто не вписали в сертификат информацию о владельце:

This website does not supply ownership information.

По Вашему же вопросу: можно в зависимости от $http_user_agent делать перенаправление в nginx или apache в зависимости от того, что у Вас установлено.

Посмотрите в сторону Seafile. И версионность, и ссылки, и хранение файлов:
www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=40335

Возможно, как уже предложили выше ownCloud.

Что больше понравится, то и устанавливайте. Будет очень продвинутое и аккуратное хранилище со всеми современными свистелками.

Покажите выводы команд:

ip r
ip a
iptables-save

Делаете конфигурационный файл виртуальной машины в формате xml. В нем прописываете какие диски подключаете, cdrom, сеть, выставляете загрузку с cdrom и прописываете настройки vnc (ip гипервизора и порт). В качестве cdrom iso-образ с нужным установочным диском.
Подробнее в документации:
libvirt.org/formatdomain.html

Делаете virsh define имя_конфиг_файла У Вас создастся виртуальная машина.
Остается ее запустить virsh start имя_машины
Далее подкючаетесь на прописанный Вами адрес и порт по vnc и производите установку как обычно. Не забудьте открыть порт для vnc в iptables на гипервизоре, если они есть.

Вариант второй: подключиться к гипервизору с линуксового ПК через virt-manager и уже через него создать нужную виртуальную машину.