Это не фтп, это ssh. Естественно скорость будет ниже, так как идет шифрование трафика + у вас еще трафик натится.
Решения:
1. Использовать менее ресурсоемкий алгоритм шифрования, например arcfour;
2. Не использовать nat а повесить на виртуалку белый ip и ходить напрямую;
3. Отказаться от ssh в пользу чего-то более быстрого, например rsync (не знаю, поднимается ли он как демон на винде).