Можете попробовать отдавать файл в base64, и ее уже отправлять в отдельный input. Естественно, _FILES у Вас будет пустой, поскольку input[type=file] должен быть инициирован
только пользователем, иначе это дыра в безопасности.
Т.е. у Вас должна получиться примрно такая схема:
- Получаем из запроса на генерацию PDF данные о файле, только учтите, что данных может быть много
- Полученные данные записываем в value hidden input
- Всю полученную форму сабмитим
- На этапе разбора данных с формы - формируем файл из base64 и кладем его куда надо
Но учтите, что такой механизм требует дополнительных проверок безопасности, целосности передаваемого файла и прочего.