что сие надо делать с помощью FOSUserBundle.
Нет, FosUserBundle предоставляет базовые вещи вроде активации аккаунта и т.д. Это удобно, но есть куча вариантов при котором этот бандл делает больше плохого чем хорошего. В большинстве случаев использовать его норм.
Поля имя фамилия появились, а поле группы нет. почему?
Потому что это поле опредено в базовом классе User из фос юзер бандла. Это хороший пример почему мне не нравится его использовать, я предпочитаю полный контроль за своими сущностями.
При регистрации пользователя ему по умолчанию не присваивается никакой роли, группы и нельзя указать имя и фамилию
Обычно это решается расширением форм тайпа идущего в фос юзер бандл. Ну или свой хэнделр, или целиком своя реализация регистрации. В целом большая часть проблем решается установкой значений в конструкторе модели но есть варианты при котором это делать уже не так удобно.
как заменить стандартные шаблоны своими заранее сделанными.
Читаем документацию к fos user bundle, там все это есть. Это одна из самых базовых нужд разработчика, так что, как понимаете, это можно сделать прописав в конфиге пути к шаблонам, которые вы хотите юзать.