Во-первых, как тут правильно сказали — мешать все в один файл это очень плохо с точки зрения последующей поддержки кода.
Во-вторых, на сколько необходимо, чтобы код отдавался именно отдельными файлами? Ведь можно, как правильно написал
@victorvsk включить весь код в страницу «inline». Это и для загрузки быстрее будет.
В принципе оба эти подхода реализуемы в плагинах
CMS Cotonti. И хотя его плагины это обычно несколько отдельных js/css/php файлов подключаемых для загрузки, но можно реализовать и «inline» подход.
Приведу кусок кода для обоих вариантов:
1. подключение раздельных ресурсов
cot_rc_add_file($cot_bootstrap['css_file']); // подключаем CSS файл в <head>
cot_rc_link_footer($cot_bootstrap['js_file']); // подключаем JS файл в конец страницы
2. использование включения прямо в код:
// вставляем CSS код в текущее место выполнения скрипта
cot_rc_embed(".my_red{ color:red; }", false, 'css');
// подключаем JS код в конец страницы
cot_rc_embed_footer("javascript_var = $current_timestamp; console.log(javascript_var);");
