Ссылка на Википедию

CMS это по сути система обеспечивающая возможность менять содержимое страниц без необходимости редактирования HTML/CSS(не всегда), или добавляет дополнительные функции: поддержка пользователей, личные кабинеты, покупка товаров онлайн и др.

А теперь по пунктам

1. Внешний вид не изменится если перевод в шаблон выполнен качественно
   
2. CMS не будет корректно работать с простым HTML/CSS/JS, из них надо будет сделать шаблон в формате поддерживаемом этой системой.
   
3. Чтобы самому писать шаблон, надо хоть не много знать язык PHP или другой язык на котором написана CMS. Из этого следует, что использовать в целях написания своего шаблона надо ту CMS в которой вы сможете разобраться. Чтобы написать свою CMS надо обладать хорошими знаниями по какому-либо языку серверного программирования
   

Как представляется мне: надо склеивать домены с указанием основным, вашего домена. Склеивать можно через постоянный редирект, через robot.txt. Вроде так, если не мне не изменяет память.