0 заводим асану, и гуглодокс-папку в "проектах" под проект
1 берем из шаблонов заготовку для брифа и клиент заполняет
2 создаем на его основе ТЗ и утрясаем с заказчиком(ЛПР)
3 создаются эскизы страниц
4 на их основе - мокапы
5 на их основе - вайрфрейм
6 прототип
7 создается окончательный продакшн дизайн
8 проводится ДТП, допиливается всё по внутренним стандартам(именование слоев, группы, название файлов, лишний мусор внутри и т.п.)
9 чистится файловый мусор и бекапится
10 передаем заказчику окончательный вариант

теперь пару(но далеко не все) деталей:
- именование макетов важно
- пункты в районе 4-6 в зависимости от величины проекта - опциональны
- в зависимости от задач между 3 и 4 может быть пункт схема юзерфлоу, или визуальная доска связей между экранами, если проще
- на выходе может(а может и нет) формироваться юайкит и фирменный стиль в той или иной компоновке.

Интересует вот что:

1. Как все это запихивается под версионный контроль?

В ВП Вы в основном будете делать:
а) тему
б) плагин
и то и другое гитится как обычно.
даже при помощи плагинов. У меня на одном проекте даже плагин обновляется из гитхаба. То есть сделал правки в плагине, пушнул его, а в админке вордпресса в разделе плагинов нажал обновить плагин - вуаля, готово.

2. Где можно посмотреть руководство по эксплуатации внутренностей от людей, которые хотя бы знают что такое KISS и говорят на одном языке с разработчиками?

У ВП есть бойлерплейт для шаблона и для плагина. С ООП, классами, блекджеком и гейшами. Бери и пользуй. Не хош десять файлов этого вашего ООП - делай в одном файле любую дичь. ВП и это схавает.

3. Есть ли аналог php the right way где собраны всякие плюшечки в одном месте?

у русскоязычных считается меккой сайт wpkama

4. Советы от людей, которые как и я пришли разбираться с wp после паттернов проектирования.

Самый важный совет - перестать гнать на ВП. Его писали программисты. Нормальные, зрелые программисты. И еще десяток-сотня программистов его тестила и правила. Практически на любой проект найдется десяток людей, кто будет фыркать что и тут не так, и там не сяк, и всё не правильно. ВП это инструмент для КОНТЕНТ МЕНЕДЖМЕНТА, а не для программиста. Это не друпал, сделанный программистами для программистов ради самого программирования. Создатели ВП осознают что это инструмент, который нужен для человека, который будет наполнять сайт, а программист с дизайнером нужны только на начальных этапах его создания, и ВП сделан не ради и не для них.

Прихожу я по ссылке из гугла, где должны быть кошечки. Аоно меня на главную. Плююсь и закрываю.
404 мне скажет "ой, тут действительно были кошечки, но куда-то девались". Или "тут ничего не было отродяся" - и я такой перепроверяю урл, и вижу что одну укву куда-то посеял.
Короче, оформляйте 404 как заведено. Кому надо на главную = пройдет на главную. Положите еще лучше пару ссылок на топовые статьи сайта.