Разделяйте проекты на сайты и веб-приложения (с последним думаю все понятно - одна страница, все в ней).
Но смущает, что поисковики не будут ничего видеть. Да и юзеру вроде как не комфортно, открыл страничку а там ничего, пока скрипты не отработали.
Считаю что с поисковиками проблем особо нет (phntomjs/prerenderio), а вот скорость загрузки - это существенно, поэтому я считаю что основной контент должен прилетать сразу с сервера, чтобы пользователь уже мог читать, а доп. функционал, всякие формы, кнопки, др. плюшки уже через клиентские фреймворки. Например VK, большая часть прилетает сразу, а остальное - поиск, подгрузка уже через js (хотя подгружаемые посты ренедрились на сервере).