По мимо изоляции и т.п. Docker ценен тем что приложения превращаются в "продукт".
* Например попробуйте настроить на сервере OpenVPN - нужно будет читать доки, настраивать конфиги, сертификаты, гуглить баги именно под ваш сервер. Вообщем - трата времени, а с доккером это одна команда за пару минут - и OpenVPN готов.
* Нужен почтовый сервер уровня гугла и яндекса - одна команда докера (без него опять же трата кучи времени).
* Хотите использовать cassandr'у - какую там версию джавы надо? а не пересечётся ли она уже с установленной? С докером вам не обязательно знать что-там внутри - работает и это достаточно.
Т.е. докер дает вам как бы готовое решение.
Кроме того что ваши приложения изолированы и хакнутое приложение не доберется до остальных, докер помогает защитить сам хост, т.к. дыры обычно в установленном ПО, а с докером это ПО просто не будет установлено на сам сервер (оно будет в контейнерах), а значит и дыр не будет.
Ещё если вам нужно запустить 2 копии сервиса на одном сервере, например БД + приложение, у вас возникнут проблемы пересечения портов и путей (приложение может не дать возможности изменения портов), потом БД может возникать что один инстанс уже запущен, или БД будет возникать что в ОС уже установлена более новая версия БД и т.п. - с докером этих проблем просто нет.
Так же бывает что на одной машине разработка работает (на дев-машине), а на сервере нет. - тут докер обещает что везде будет работать одинаково.
// Забыл добавить
с докером не нужно заморачиваться с логинами и паролями (я использую без пароля) т.к. база будет доступна только вашему приложению (или нескольким - как настроите).