Да-да, хелпа вполне хватит; а еще легче методом тыка (кнопки в большинстве случаев говорят сами за себя ;) ), а где не понятно или надо найти что-то определенное — велкам в хелп.
Другой вопрос — а зачем рисовать и тем более прототипировать в inDesign? Это издательская система, книжки с журналами верстать, дипломы там всякие… Большинство его возможностей по верстке текста в вебе попросту недоступны (и даже хтмл5 и цсс3 тут не спасут).
Я готовлю макеты в иллюстраторе, т.к. всяческие векторные закругленные прямоугольнички-квадратики там гораздо удобнее делать, нежели в фотошопе, а всякий растр (иконки и т.д.) линкуется в файл и редактируется извне уже в шопе.
Прототипировать — опять же — удобнее в balsamiq (попроще) или в ms expression blend (побольше features)…