Удалять js со страницы мне кажется очень странным костылем.
Пересекающийся код решается замыканиями. Пересекающиеся селекторы решаются префиксами (либо принудительным unbind).
А вообще это очень странная проблема, растущая, скорее, из неправильной организации кода на клиенте.