причина простая, гит пересобирает все коммиты после rebase, и у них получаются других hash суммы. Грубо говоря как будто вы заново написали весь этот код в другой ветке. (С вытекающими конфликтами).
Так что rebase в большинстве случаев немного мешает работе (хотя если вас 2-3 человека и вы знаете что делаете, rebase это хорошо).