~/.bashrc считывается при запуске bash не надо ничего активировать.~/.bashrc, то да она бы сохранилась до перезапуска bash, но в таком случае всё равно непонятно причём тут . (алиас для команды source).~/custom_functions), то да её можно было бы инициализировать выполнив source ~/custom_functions или . ~/custom_functions, но смысла в этом мало - проще эту команду вписать в ~/.bashrc что бы она выполнялась автоматически в момент запуска bash
Ещё можно попробовать добавить потоков в конфиге пула php-fpm.