Константин Китманов

Попробуйте плясать от этого рецепта: https://gist.github.com/sam-artuso/d39dc04650f9455...
Не знаю, правда, насчет source-map-support...

npm install без параметров ставит пакет в текущую директорию. Ничего не знаю про ионик, но судя по скриншоту, вам нужна cli-утилита, а они ставятся с параметром -g/--global: npm install ionic@3.4.0 -g. (Возможно, понадобится закрыть и заново открыть окно терминала, но это не точно)

У bower несколько отличается механизм разрешения зависимостей. До повсеместного распространения webpack с его алиасами, trea shaking и dead code elimination и code splitting могло быть критично. Сейчас — не нужно, да и bower официально мертв.
В легаси-проектах могло остаться. Если в команде нет QA и/или автотестов, то избавляться от bower следует осторожно:)

npm install rollup --save-dev.

rollup main.js --format umd --name "myBundle" --file bundle.js

бойлерплейт для библиотек

Или webpack.

yeoman, хотя не факт что есть прям то что надо.

С webpack это не связано абсолютно никак.

Версия в package.json меняется командой npm version, но в принципе при любительском проекте на одного человека смысла в этом и правда не много.

Коммиты лучше делать как можно чаще, но, конечно, не после каждой строчки, а после завершения какого-то логически выделенного куска. Во-первых, так в случае чего проще искать возникшую проблему с помощью git-bisect. Во-вторых, в командной работе будет проще мерджить и ребейзить. Очевидно, откровенно неработающий код коммитить не стоит.

npm ls fibers выведет древовидный путь до указанного пакета.

Ну в CRA не только webpack+babel, там еще eslint и еще куча всяких мелочей (не помню точно, потому что никогда не нравился). Но оно не настраивается никак, и если вы испытываете сильные чувства по поводу каких-то настроек, то наверное проще все-таки сделать сборку с нуля (есть команда eject, но результат не очень аккуратный).

Никаких проблем: добавляйте тэги в гите, а пакет ставьте как

npm install --save  "git+https://nameofmycompanysupport:FlawlessServ1c3ImpeccableSupp0rt@bitbucket.org/nameofmycompany/name-of-package.git#v1.1.0"

npm install lib --save в dependencies в package.json, npm install dep --save-dev в devDependencies. Все попадает в node_modules, разработчику в принципе пофиг где конкретно лежат библиотеки.

Команда npm repo имя_пакета открывает в браузере страничку с репозитарием. Если это слишком сложно, то идёте на npmjs.com, ищите ваш пакет, справа будет ссылка:)

Идете к автору пакета и говорите: так и так, мне нужно вот такое вот поведение, можно я сделаю PR? Если договариваетесь, как это должно выглядеть и работать, то делаете форк, вносите изменения, присылаете автору pull request.