Самый большой риск при переводе с http на https -- это временное выпадение сайта из индекса (старый уже выпал, а новый ещё не ранжируется так же высоко), и, как следствие, потеря им трафика на этот период.

Во-первых, если есть возможность, то для старого сайта лучше либо отказаться от перехода, либо минимизировать его: например, перевести на https только чувствительные к этому разделы (например, разделы корзины и оплаты для интернет-магазинов). На текущий момент просто факт работы через https не даёт серьёзного преимущества в поиске.

Если переходить на https всё-равно надо, то вот алгоритм как минимизировать потери при таком переезде:
1. Поднимаем сайт на https. В этот момент сайт должен корректно функционировать как по http, так и по https.
2. Добавляем оба сайта (http и https) в "Яндекс.Вебмастер" beta.webmaster.yandex.ru.
3. В robots.txt у обоих прописываем Host: https://site.ru/ (подставьте свой домен, не забудьте учесть как выглядит главное зеркало -- с www или без).
4. Для http-сайта в "Яндекс.Вебмастере" поставьте заявку на перенос сайта на https.
5. Ждите. Когда "Яндекс" и Google полностью выкинут из индекса https сайт, только тогда ставим абсолютный 301 редирект с http на https.

Начать стоит с семантического ядра. А уже исходя из него дорабатывать структуру и контент сайта. В сети навалом материала как составить хорошее семантическое ядро, погуглите.

Еще добавьте сайт с адресом и телефоном в карты Яндекса и Гугла - это поможет "прописаться" в регионе.

Вместе, т.е. на одном домене. У домена общий траст, отсюда и выгоды.
Ссылки на блог будут давать "плюсики" и в ранжировании коммерческой части сайта.