Как уже писали, для этих целей существует "Яндекс.XML", либо прямые парсеры выдачи. Все это бывает как в виде сервисов, так и в виде скриптов и программ.
Для небольших объемов рекомендовал бы вам сервис topvisor.ru, ему можно "скормить" свои XML-лимиты и проверять позиции вовсе бесплатно, либо без танцев с бубном за небольшую плату.
У любого более или менее крупного SEO-агентства, естественно, есть свои парсеры. Мы, например, еженедельно проверяем позиции по 3,5 млн запросов.
