1. Если ваша цель, чтобы "Яндекс" индексировал поддомены для разных регионов, а Google основной сайт, то всё сделано верно. В принципе, такое решение разумно, хотя есть ньюансы: нужно заставить "Яндекс" индексировать все поддомены, а сделать это может быть непросто, если сайт большой (например, интернет-магазин с большим ассортиментом).
2. По поводу "конкуренты могут пожаловаться на аффилированность" - это чушь. Поддомены изначально аффилированы, но этого не нужно бояться: "Яндекс" будет ранжировать наиболее релевантный домен/поддомен. Если вы заставите его корректно проиндексировать все поддомены, проблем не будет.
